În urma ratificării sale cu cele trei sferturi ale statelor necesare la începutul lunii, cel de-al treilea amendament este adoptat în mod oficial în Constituția SUA, asigurându-se că „nici sclavagismul, nici servitutea involuntară… nu vor exista în Statele Unite sau în orice loc supus lor competență.“
Înainte de războiul civil american, Abraham Lincoln și alți lideri ai Partidului Republican anti-sclavie au încercat să nu abolească sclavia, ci doar să oprească extinderea acesteia în noi teritorii și state din vestul american. Această politică era inacceptabilă pentru majoritatea politicienilor din sud, care credeau că creșterea statelor libere va transforma structura de putere a SUA irevocabil împotriva lor. În noiembrie 1860, alegerile din Lincoln în funcția de președinte au semnalat secesiunea a șapte state din sud și formarea statelor confederate din America. La scurt timp după inaugurarea sa în 1861, a început Războiul Civil. Încă patru state sudice s-au alăturat Confederației, în timp ce patru state slave de frontieră din sudul de sus au rămas în Uniune.
Lincoln, deși a detestat în mod privat sclavia, a răspuns cu precauție apelului abolitionistilor pentru emanciparea tuturor sclavilor americani după izbucnirea războiului civil. Pe măsură ce războiul a continuat, totuși, guvernul federal dominat de republicană a început să realizeze avantajele strategice ale emancipației: Eliberarea sclavilor ar slăbi Confederația privând-o de o parte majoră a forței sale de muncă, ceea ce la rândul său va consolida Uniunea. prin producerea unui influx de forță de muncă. Cu 11 state din sud, secrete de la Uniune, au existat puțini congresmeni pro-sclavi care să stea în calea unei astfel de acțiuni.
În 1862, Congresul a anulat legile sclavilor fugari, a interzis sclavia pe teritoriile Statelor Unite și a autorizat Lincoln să angajeze sclavi eliberați în armată. În urma victoriei majore a Uniunii la bătălia de la Antietam din septembrie, Lincoln a emis un avertisment cu privire la intenția sa de a emite o proclamare de emancipare pentru toate statele aflate încă în rebeliune în ziua de Anul Nou.
În acea zi, 1 ianuarie 1863, președintele Lincoln a emis oficial Proclamația de emancipare, solicitând armatei Uniunii să elibereze toți sclavii din state aflate încă în rebeliune ca „act de justiție, justificat de Constituție, după necesitate militară”. Aceste trei milioane sclavii au fost declarați „atunci, în continuare, și pentru totdeauna liberi.” Proclamația a scutit statele de sclavi de frontieră care au rămas în Uniune și toate sau unele părți ale celor trei state confederate controlate de armata Uniunii.
Proclamația de emancipare a transformat războiul civil dintr-un război împotriva secesiunii într-un război pentru „o nouă naștere a libertății”, după cum a declarat Lincoln în Discursul său din Gettysburg în 1863. Această schimbare ideologică a descurajat intervenția Franței sau Angliei în numele Confederației și a permis Uniunea să înroleze cei 180.000 de soldați și marinari afro-americani care s-au oferit voluntari să lupte între 1 ianuarie 1863 și încheierea războiului.
Pe măsură ce Confederația se îndrepta spre înfrângere, Lincoln și-a dat seama că Proclamația de emancipare, o măsură de război, poate avea puțină autoritate constituțională odată încheiat războiul. Partidul republican a introdus ulterior al 13-lea amendament în Congres, iar în aprilie 1864, cele două treimi necesare ale senatului republican copleșitor au trecut de amendament. Cu toate acestea, Camera Reprezentanților, cu o proporție mai mare de democrați, nu a aprobat amendamentul cu o majoritate de două treimi până în ianuarie 1865, cu trei luni înainte de predarea generalului confederat Robert Robert Lee la Appomattox.
La 2 decembrie 1865, Alabama a devenit cel de-al 27-lea stat care a ratificat cel de-al 13-lea amendament, oferindu-i astfel necesarul majorității de trei sferturi din aprobarea statelor necesare pentru a-i face legea pământului. Alabama, fostul stat confederat, a fost forțată să ratifice amendamentul ca o condiție pentru re-admiterea în Uniune. Pe 18 decembrie, cel de-al 13-lea amendament a fost adoptat oficial în 246 de ani de la Constituție după ce primul shipload de africani în captivitate a aterizat la Jamestown, Virginia și au fost cumpărați ca sclavi.
Moștenirea sclaviei și eforturile de a o depăși au rămas o problemă centrală în politica Statelor Unite pentru mai mult de un secol, în special în perioada de reconstrucție postbelică și în mișcarea pentru drepturile civile afro-americane din anii 1950 și 60.
