La 12:18 p.m., o bombă teroristă explodează într-un garaj al World Trade Center din New York City, lăsând un crater lat de 60 de metri și provocând prăbușirea mai multor podele din beton armat din oțel în vecinătatea exploziei. Deși bomba teroristă nu a reușit să deterioreze în mod critic structura principală a zgârie-nori, șase persoane au fost ucise și peste 1.000 au fost rănite. Centrul Mondial al Comerțului în sine a suferit pagube de peste 500 de milioane de dolari. După atac, autoritățile au evacuat 50.000 de persoane din clădiri, dintre care sute suferă de inhalare de fum. Evacuarea a durat toată după-amiaza.
Autoritățile orașului și Biroul Federal de Investigații (FBI) au întreprins un furt de masă pentru suspecți, iar în câteva zile, mai mulți fundamentaliști islamici radicali au fost arestați. În martie 1994, Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad și Mahmoud Abouhalima au fost condamnați de un juriu federal pentru rolul lor în atentat și fiecare a fost condamnat la viață în închisoare. Salameh, un palestinian, a fost arestat când a mers să recupereze depozitul de 400 de dolari pe care îl lăsase pentru autoutilitara Ryder folosită în atac. Ajaj și Ayyad, care au jucat amândoi un rol în construcția bombei, au fost arestați la scurt timp după aceea. Abouhalima, care a ajutat la cumpărarea și amestecarea explozivilor, a fugit în Arabia Saudită, dar a fost prins în Egipt două săptămâni mai târziu.
Mintea principală a atacului „Ramzi Ahmed Yousef” s-a reafirmat în libertate până în februarie 1995, când a fost arestat în Pakistan. El a fost anterior în Filipine, iar într-un computer plecat, au fost găsite planuri teroriste care includeau un complot pentru uciderea papei Ioan Paul al II-lea și un plan de a bombarda 15 avioane americane în 48 de ore. În timpul zborului înapoi în Statele Unite, Yousef a recunoscut la un agent al Serviciului Secret că a direcționat atacul Trade Center de la început și chiar a susținut că a setat siguranța care a explodat bomba de 1.200 de kilograme. Singurul său regret, agentul citat de Yousef, a fost că turnul de 110 etaje nu s-a prăbușit în geamănul său, întrucât o catastrofă planificată care ar fi provocat mii de morți.
Eyad Ismoil, care a condus autoutilitara Ryder în garajul de sub World Trade Center, a fost capturat în Iordania în acel an și dus înapoi la New York. Toți bărbații implicați aveau legături cu șeicul Omar Abdel Rahman, un lider religios egiptean radical, care a operat din Jersey City, New Jersey, situat chiar peste Hudson, din Manhattan. În 1995, Rahman și 10 adepți au fost condamnați pentru conspirație pentru a exploda sediul Națiunilor Unite și alte repere din New York. Procurorii au susținut că atacul Centrului Mondial al Comerțului a făcut parte din acea conspirație, deși au fost prezentate puține dovezi clare ale acestei acuzații.
În noiembrie 1997, Yousef și Ismoil au fost condamnați într-o cameră de judecată la doar câteva blocuri distanță de turnurile gemene și, ulterior, condamnați la viață în închisoare, fără posibilitatea de libertate conditionată. Doar un alt bărbat a crezut că este direct implicat în atac, irakianul Abdul Rahman Yasin, rămâne în libertate.
După bombardamentele din 1998 ale ambasadelor americane din Kenya și Tanzania, anchetatorii americani au început să suspecteze că Yousef a avut legături cu exilul saudit Osama bin Laden, șeful anti-S.U.A. rețea teroristă al Qaeda Dacă bin Laden a fost implicat, de fapt, în atacurile din Twin Tower din 1993, nu a fost determinat, dar pe 11 septembrie 2019, două grupuri de teroriști al Qaeda au încheiat slujba începută de Yousef, prăbușind două avioane deturnate în turnul de nord și sud al Centrul mondial de afaceri.
Oțelul structural al zgârie-nori nu a putut rezista la căldura uriașă generată de combustibilul cu jet de ardere și ambele s-au prăbușit în două ore de la lovire. Aproape 3.000 de oameni au murit în World Trade Center și în vecinătatea acestuia, inclusiv un uluitor 343 de pompieri și 23 de polițiști care se luptau să completeze evacuarea și să salveze lucrătorii din birou prinși la etajele superioare. Doar șase persoane din turnurile World Trade Center în momentul prăbușirii lor au supraviețuit. Aproape 10.000 de alte persoane au fost tratate pentru răni, multe grave.
